Position: Junior Researcher

Reference: BIOPOLIS 2026-30

Research Area: Biological Sciences

Research Sub-area: Biology and Conservation

 

Associação BIOPOLIS is opening an international selection procedure for the recruitment of a Junior Researcher to carry out scientific research activities, under an unfixed-term employment contract, for an expected period of 12 months. The call aims to fill one (1) vacancy within the scope of the project for the 2025-2029 period, funded by national funds through FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., under the funding of the Research Unit "Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva”, reference UID/50027/2025.

The selected researcher will be responsible for developing activities associated with the study of the genetic basis of the evolution of new phenotypic traits, as well as the integration of these results into a broader evolutionary framework, with the aim of identifying and characterizing the mechanisms involved in the emergence and evolution of new traits.

Main duties and responsibilities: The junior researcher will perform the following activities, framed within the research line of the Evolutionary Genetics and Genomics (EVOLGEN) group:

1. Mapping the genetic basis of new phenotypes through the production and analysis of high-throughput sequencing data;
2. Contextualization, at the cellular level, of the detected mutations, identifying cell lines necessary for the expression of alternative alleles associated with the emergence of new phenotypes. To this end, the researcher must apply and analyze single-cell sequencing data (e.g., scRNA-seq);
3. Determination of interaction networks between regulatory elements necessary for the expression of different genes in distinct cellular contexts. For this purpose, the researcher must apply methodologies such as scATAC-seq and chromosome conformation capture techniques (3C);
4. Exploration of alternative mechanisms for regulating gene expression (e.g., methylation) that may underlie the emergence of new phenotypes;
5. Production and maintenance of reproducible functional genomics data analysis pipelines suitable for the needs of the group's research line;
6. Contribution to the production of scientific outputs, including progress reports and scientific articles;
7. Support for scientific dissemination and knowledge transfer actions.

The selected candidate will perform duties in collaboration with the other members of the Evolutionary Genetics and Genomics Group (EVOLGEN) at the CIBIO facilities and directly with the group leader Miguel Carneiro. (Perfil Google Scholar). Questões adicionais deverão ser direcionadas para Miguel Carneiro (miguel.carneiro@cibio.up.pt).

Applicable Legislation: Labor Code, approved by Law No. 7/2009, of February 12, in its current wording; Decree-Law No. 57/2016, of August 29, amended by Law No. 57/2017, of July 19, and Regulatory Decree No. 11-A/2017, of December 29, which approves the regime for hiring doctorates intended to stimulate scientific and technological employment in all areas of knowledge (Scientific Employment Legal Regime — RJEC); Decree-Law No. 66/2018, of August 16 (recognition of foreign academic degrees); Law No. 4/2019, of January 10 (employment quota system for people with disabilities); Regulation (EU) 2016/679 of the European Parliament and of the Council, of April 27, 2016 (GDPR) and Law No. 58/2019, of August 8.

Location: The workplace is located at the BIOPOLIS Association/CIBIO – Campus de Vairão, and may involve travel in Portugal or abroad, on service or representation of the employing entity.

Monthly Remuneration: The monthly remuneration to be assigned is that provided for in paragraph a) of No. 1 of Article 15 of the RJEC, and Art. 2 of Regulatory Decree No. 11-A/2017, of December 29, corresponding to level 33 of the Single Remuneration Table, approved by Ordinance No. 1553-C/2008, of December 31, amounting to 2,408.11 euros.

General Requirements: National, foreign, and stateless citizens who hold a doctoral degree in biology, or a related scientific area, and who hold a scientific and professional curriculum that reveals a profile suitable for the activity to be developed (point 1) may apply to the competition. If the doctorate was awarded by a foreign higher education institution, it must comply with the provisions of Decree-Law No. 66/2018, of August 16, and any formalities established therein must be fulfilled by the date of signing the employment contract.

Specific Requirements: In addition to the general requirements defined in the previous point, the specific requirements are:

• Experience in laboratory techniques necessary for the production of genomics, functional genomics, and epigenomics libraries.
• Experience in bisulfite-seq, ATAC-seq, and chromosome conformation capture techniques (e.g., Hi-C, Micro-C).
• Experience in single-cell sequencing techniques, from tissue dissection to dissociation and library production, for both scRNA-seq and scATAC-seq data.
• Experience with bioinformatics analysis tools relevant to the various techniques listed in the previous point (e.g., Seurat, ATACseqQC, MACS3, pairtools, juicer/cooler, mustache).
• Proficiency in Python and/or other languages such as R.
• Interest and experience in evolutionary biology and related areas.
• Experience in animal coloration studies and phenotype-genotype association studies will be valued.
• Excellent written and oral communication skills in English.
• Ability to work independently and as part of a team, in interdisciplinary contexts. The ability to coordinate with international collaborators will also be valued.

Start Date: August 1, 2026.

Selection Criteria: Pursuant to article 5 of the RJEC, selection is carried out through the evaluation of the scientific and curricular path of the candidates, based on the relevance, quality, and timeliness of the following elements, weighted according to the table below:

• General scientific coherence of the CV — 10% Integrated assessment of the curricular trajectory, including other scientific activities, fundamental or applied science, developed in the last five years.
• Scientific production — 20% Diversity and quality of scientific indicators, including peer-reviewed articles published in scientific journals in the areas listed in the Specific Requirements, and results considered most relevant by the candidate in the area of evolutionary biology.
• Experience in genomics, functional genomics, and epigenomics — 35% Experience in data production and analysis, with reference to the laboratory and analysis techniques listed in the Specific Requirements.
• Experience in bioinformatics and programming languages — 15%
• Letter of motivation — 20%

The final classification system for candidates is expressed on a scale of 0 to 100.

Jury: In accordance with article 13 of the RJEC, the competition jury has the following composition: Dr. Miguel Carneiro (Researcher at CIBIO-InBIO; Chairman of the Jury), Dr. Soraia Barbosa (Researcher at CIBIO-InBIO), and Dr. Rui Faria (Researcher at CIBIO-InBIO).

The jury will deliberate through a nominal vote, justified according to the selection criteria adopted and disclosed; abstentions are not permitted.

Minutes will be taken of the jury meetings, which must contain a summary of what occurred, as well as the votes cast by each member and their respective justification, and will be provided to candidates whenever requested.

After completing the application of the selection criteria, the jury will proceed to prepare the ordered list of approved candidates, with their respective classification.

The final deliberation of the jury is approved by the maximum leader of the institution, who is also responsible for deciding on the hiring.

Formalization of applications: Applications are formalized by means of a request submitted at the electronic address https://www.cibio.up.pt/en/jobs, with the following documents in digital support, preferably in PDF format:

• Curriculum vitae (up to 2 A4 pages).
• Letter of motivation (up to 2 A4 pages).
• Certificate of qualifications.

The application period runs from July 2 to July 15, 2026.

Candidates who formalize their application incorrectly or who do not prove the requirements demanded in this competition are excluded from admission. The jury has the power to require any candidate, in case of doubt, to present supporting documents for their statements.

False statements made by candidates will be punished under the law.

Notification of Results and Hearing of Interested Parties: Final results will be communicated through a list ordered by final score, sent by email to all candidates. After notification, candidates have 10 working days to comment in a Prior Hearing of Interested Parties.

Final Provisions: This competition is intended exclusively for filling the indicated vacancy and may be terminated until the approval of the final ranking list of candidates and expiring with the respective occupation of the job position.

Non-Discrimination and Equal Access Policy: The BIOPOLIS Association actively promotes a policy of non-discrimination and equal access, so that no candidate can be privileged, benefited, harmed, or deprived of any right or exempted from any duty due to, namely, ancestry, age, sex, sexual orientation, marital status, family situation, economic situation, education, origin or social condition, genetic heritage, reduced working capacity, disability, chronic illness, nationality, ethnic origin or race, territory of origin, language, religion, political or ideological beliefs, and union affiliation.

The BIOPOLIS Association adopts the principles of the European Charter for Researchers and the Code of Conduct for the Recruitment of Researchers (European Commission Recommendation 2005/251/EC), applying open, transparent, and merit-based recruitment practices (OTM-R).

Personal Data Protection (GDPR): Under the terms of Regulation (EU) 2016/679 (GDPR) and Law No. 58/2019, of August 8, the personal data provided by candidates will be processed by the BIOPOLIS Association, as the controller, exclusively for the purposes of managing this competition procedure and any pre-contractual steps, based on article 6(1)(b) and (c) of the GDPR. The data will be kept for the legally required period and treated with confidentiality. Candidates may exercise their rights of access, rectification, opposition, limitation, portability, and erasure, when applicable, via email hru@biopolis.pt, and they also have the right to lodge a complaint with the National Data Protection Commission (CNPD).

Approval of the Notice: The jury approved this notice at the meeting held on May 7, 2026.

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Posição: Investigador Júnior

Referência: BIOPOLIS 2026-30

Área de Investigação: Ciências Biológicas

Sub-área de Investigação: Biologia e Conservação

 

A Associação BIOPOLIS abre concurso de seleção internacional para a contratação de um/a Investigador/a Júnior para o exercício de atividades de investigação científica, em regime de contrato de trabalho a termo incerto, por um período previsível de 12 meses. O concurso destina-se ao preenchimento de um (1) lugar, no âmbito do projeto para o período 2025-2029, financiado por fundos nacionais através da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., no âmbito do financiamento da Unidade de investigação "Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva” com a referência UID/50027/2025.

O/a investigador/a selecionado/a será responsável pelo desenvolvimento de atividades associadas ao estudo da base genética da evolução de novos caracteres fenotípicos, bem como pela integração desses resultados num enquadramento evolutivo mais amplo, com o objetivo de identificar e caracterizar os mecanismos envolvidos na emergência e evolução de novos caracteres.

Funções e responsabilidades principais: O/a investigador/a júnior irá desempenhar as seguintes atividades, enquadradas na linha de investigação do grupo Evolutionary Genetics and Genomics (EVOLGEN):

• Mapeamento da base genética de novos fenótipos, através da produção e da análise de dados de sequenciação de alto-rendimento;
• Contextualização, ao nível celular, das mutações detetadas, identificando linhas celulares necessárias para a expressão de alelos alternativos associados à emergência de novos fenótipos. Para tal, o/a investigador/a deverá aplicar e analisar dados de sequenciação de células únicas (e.g., scRNA-seq);
• Determinação das redes de interação entre elementos regulatórios necessárias para a expressão dos diferentes genes em contextos celulares distintos. Para o efeito, o/a investigador/a deverá aplicar metodologias como scATAC-seq e técnicas de captura da conformação cromossómica (3C);
• Exploração de mecanismos alternativos de regulação da expressão genética (e.g., metilação) que possam estar na base da emergência de novos fenótipos;
• Produção e manutenção de pipelines de análise de dados de genómica funcional reprodutíveis e adequados às necessidades da linha de investigação do grupo;
• Contribuição para a produção de outputs científicos, incluindo relatórios de progresso e artigos científicos;
• Apoio às ações de disseminação científica e transferência de conhecimento.

O/A candidato/a selecionado/a desempenhará funções em colaboração com os restantes membros do Grupo de Genética e Genómica Evolutiva (EVOLGEN) nas instalações do CIBIO e diretamente com o líder do grupo Miguel Carneiro. (Perfil Google Scholar). Questões adicionais deverão ser direcionadas para Miguel Carneiro (miguel.carneiro@cibio.up.pt)

Legislação aplicável: Código do Trabalho, aprovado pela Lei n.º 7/2009, de 12 de fevereiro, na sua redação atual; Decreto-Lei n.º 57/2016, de 29 de agosto, alterado pela Lei n.º 57/2017, de 19 de julho, e Decreto Regulamentar n.º 11-A/2017, de 29 de dezembro, que aprova o regime de contratação de doutorados destinado a estimular o emprego científico e tecnológico em todas as áreas do conhecimento (Regime Jurídico do Emprego Científico — RJEC); Decreto-Lei n.º 66/2018, de 16 de agosto (reconhecimento de graus académicos estrangeiros); Lei n.º 4/2019, de 10 de janeiro (sistema de quotas de emprego para pessoas com deficiência); Regulamento (UE) 2016/679 do Parlamento Europeu e do Conselho, de 27 de abril de 2016 (RGPD) e Lei n.º 58/2019, de 8 de agosto.

Local: O local de trabalho situa-se na Associação BIOPOLIS/CIBIO – Campus de Vairão, podendo envolver viagens em Portugal ou no estrangeiro, ao serviço ou representação da entidade empregadora.

Remuneração Mensal: A remuneração mensal a atribuir é a prevista na alínea a) no n.º 1 do artigo 15.º do RJEC, e artº 2 do Decreto Regulamentar nº 11-A/2017, de 29 de dezembro correspondente ao nível 33 da Tabela Remuneratória Única, aprovada pela Portaria n.º 1553-C/2008, de 31 de dezembro, sendo de 2.408,11 euros.

Requisitos Gerais: Ao concurso podem candidatar-se cidadãos nacionais, estrangeiros(as) e apátridas que sejam titulares do grau de doutor(a) em biologia, ou área científica afim, e detentores(as) de um currículo científico e profissional que revele um perfil adequado à atividade a desenvolver. Caso o doutoramento tenha sido conferido por instituição de ensino superior estrangeira, o mesmo tem de obedecer ao disposto no Decreto-Lei n.º 66/2018, de 16 de agosto, devendo quaisquer formalidades aí estabelecidas estar cumpridas até à data da assinatura do contrato de trabalho.

Requisitos Específicos: Para além dos requisitos gerais definidos no ponto anterior, são requisitos específicos:

• Experiência em técnicas laboratoriais necessárias para a produção de bibliotecas de genómica, genómica funcional e epigenómica.
• Experiência em bisulfite-seq, ATAC-seq e técnicas de captura da conformação cromossómica (e.g., Hi-C, Micro-C).
• Experiência em técnicas de sequenciação de células únicas, desde a disseção de tecidos até à sua dissociação e produção de bibliotecas, tanto para dados de scRNA-seq como de scATAC-seq.
• Experiência com ferramentas de análise bioinformática relevantes para as várias técnicas enumeradas no ponto anterior (e.g., Seurat, ATACseqQC, MACS3, pairtools, juicer/cooler, mustache).
• Proficiência em Python e/ou noutras linguagens como R.
• Interesse e experiência em biologia evolutiva e áreas relacionadas.
• Experiência em estudos de coloração animal e de associação fenótipo-genótipo será valorizada.
• Excelente capacidade de comunicação escrita e oral em inglês.
• Capacidade para trabalhar de forma autónoma e em equipa, em contextos interdisciplinares. Será também valorizada a capacidade de articulação com colaboradores internacionais.

Data de Início: 1 de agosto de 2026.

Critérios de Seleção: Nos termos do artigo 5.º do RJEC, a seleção realiza-se através da avaliação do percurso científico e curricular dos/as candidatos/as, com base na relevância, qualidade e atualidade dos seguintes elementos, ponderados de acordo com a tabela abaixo:

• Coerência científica geral do CV — 10% Avaliação integrada da trajetória curricular, incluindo outras atividades científicas, de ciência fundamental ou aplicada, desenvolvidas nos últimos cinco anos.
• Produção científica — 20% Diversidade e qualidade dos indicadores científicos, incluindo artigos revistos por pares publicados em revistas científicas nas áreas listadas nos Requisitos Específicos, e resultados considerados mais relevantes pelo/a candidato/a na área da biologia evolutiva.
• Experiência em genómica, genómica funcional e epigenómica — 35% Experiência na produção e análise de dados, com referência às técnicas laboratoriais e de análise enumeradas nos Requisitos Específicos.
• Experiência em bioinformática e linguagens de programação — 15%
• Carta de motivação — 20%

 

O sistema de classificação final dos/as candidatos/as é expresso numa escala de 0 a 100.

Júri: Em conformidade com o artigo 13.º do RJEC o júri do concurso tem a seguinte composição: Dr. Miguel Carneiro (Investigador no CIBIO-InBIO; Presidente do Júri), Dra. Soraia Barbosa (Investigadora no CIBIO-InBIO), e Dr. Rui Faria (Investigador no CIBIO-InBIO).

O júri deliberará através de votação nominal, fundamentada de acordo com os critérios de seleção adotados e divulgados, não sendo permitidas abstenções.

Das reuniões do júri serão lavradas atas, que deverão conter um resumo do que nelas houver ocorrido, bem como os votos emitidos por cada um dos membros e respetiva fundamentação, sendo facultadas aos/às candidatos/as sempre que solicitadas.

Após conclusão da aplicação dos critérios de seleção, o júri procederá à elaboração da lista ordenada dos candidatos aprovados, com a respetiva classificação.

A deliberação final do júri é homologada pelo dirigente máximo da instituição a quem compete também decidir da contratação.

Formalização das candidaturas: As candidaturas são formalizadas mediante requerimento submetido no endereço eletrónico https://www.cibio.up.pt/en/jobs, com os seguintes documentos em suporte digital, de preferência em formato de PDF:

• Curriculum vitae (até 2 páginas A4).
• Carta de motivação (até 2 páginas A4).
• Certificado de habilitações.

O período de apresentação de candidaturas decorre entre 2 de julho e 15 de julho de 2026.

São excluídos da admissão ao concurso os candidatos que formalizem incorretamente a sua candidatura ou que não comprovem os requisitos exigidos no presente concurso. Assiste ao júri a faculdade de exigir a qualquer candidato, em caso de dúvida, a apresentação de documentos comprovativos das suas declarações.

As falsas declarações prestadas pelos candidatos serão punidas nos termos da lei.

Notificação de Resultados e Audiência de Interessados: Os resultados finais serão comunicados através de lista ordenada por pontuação final, enviada por correio eletrónico a todos os candidatos. Após a notificação, os candidatos dispõem de 10 dias úteis para se pronunciarem em sede de Audiência Prévia de Interessados.

Disposições Finais: O presente concurso destina-se, exclusivamente, ao preenchimento da vaga indicada, podendo ser feito cessar até à homologação da lista de ordenação final dos candidatos e caducando com a respetiva ocupação do posto de trabalho.

Política de Não Discriminação e de Igualdade de Acesso: A Associação BIOPOLIS, promove ativamente uma política de não discriminação e de igualdade de acesso, pelo que nenhum candidato/a pode ser privilegiado/a, beneficiado/a, prejudicado/a ou privado/a de qualquer direito ou isento/a de qualquer dever em razão, nomeadamente, de ascendência, idade, sexo, orientação sexual, estado civil, situação familiar, situação económica, instrução, origem ou condição social, património genético, capacidade de trabalho reduzida, deficiência, doença crónica, nacionalidade, origem étnica ou raça, território de origem, língua, religião, convicções políticas ou ideológicas e filiação sindical.

A Associação BIOPOLIS adota os princípios da Carta Europeia do Investigador e do Código de Conduta para o Recrutamento de Investigadores (Recomendação 2005/251/CE da Comissão Europeia), aplicando práticas de recrutamento abertas, transparentes e baseadas no mérito (OTM-R).

Proteção de Dados Pessoais (RGPD): Nos termos do Regulamento (UE) 2016/679 (RGPD) e da Lei n.º 58/2019, de 8 de agosto, os dados pessoais fornecidos pelos candidatos serão tratados pela Associação BIOPOLIS, na qualidade de responsável pelo tratamento, exclusivamente para efeitos de gestão do presente procedimento concursal e eventuais diligências pré-contratuais, com fundamento no artigo 6.º, n.º 1, alíneas b) e c) do RGPD. Os dados serão conservados pelo período legalmente exigido e tratados com confidencialidade. Os candidatos podem exercer os seus direitos de acesso, retificação, oposição, limitação, portabilidade e apagamento, quando aplicável, através do email hru@biopolis.pt, assistindo-lhes ainda o direito de apresentar reclamação à Comissão Nacional de Proteção de Dados (CNPD).

Aprovação do Aviso:  O júri aprovou este aviso na reunião realizada a 07 de maio de 2026.